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#1 08/05/2010 21:49:08

pinoche29
Pti Zazou
Date d'inscription: 08/05/2010
Messages: 3

Trouver plusieurs chaînes de caractère différentes dans une séquence..

Bien le bonjour chers amis.

Je viens à vous pour implorer votre aide (lol). En effet, dans le cadre de mes études, j'ai une option informatique où je dois programmer un site avec du css de l'html et du php. (Mais je n'en connais vraiment que les rudiments, donc j'ai beaucoup de mal à comprendre toutes les infos que je trouve sur le net).

Alors je me décide enfin à exposer clairement mon problème, qui sait, quelqu'un pourra peut-être m'aider.

Je travaille sur l'adn, et je voudrais faire un "graphique" (à l'aide de Jpgraph) pour afficher le brin d'adn entré par l'utilisateur sous la forme d'un rectangle plein de couleur claire avec des rectangle de couleur foncée par dessus au niveau de chaque ORF (cadre de lecture sur un brin d'adn).
En fait, pour cela je pense pouvoir me débrouiller mais je vous explique ça pour que vous compreniez mieux mon vrai problème qui est le suivant :

J'ai ma séquence adn qui ressemble à ceci par exemple :

"AUGCAGAUGCACAGCAGCAUACCAGCAUAUGCAGAUGCACAGCAGCAUACCAGCAUAUGCAGAUGCACAGCAGCAUACCAGCAUAUGCAGAUGCACAGCAGCAUACCAGCAUAUGCAGAUGCACAGCAGCAUACCAGCAUAUGCAGAUGCACAGCAGCAUACCAGCAUAUGCAGAUGCACAGCAGCAUACCAGCAU"

et je dois réussir à trouver la position de tous les différents orf dans cette séquence grâce à un code php. (Un orf commençant par "AUG" et finissant par "UAG" mais qui peut avoir n'importe nombre ou type de lettre au milieu).

En comment faire pour que l'ordinateur donne "un nom de variable" à chaque orf qu'il trouve dans la séquence ?

(Je pense qu'il faut que j'utilise les regex mais j'y comprends rien sad ).

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#2 08/05/2010 23:03:33

xavier
ZazouGourou
Lieu: ZazouLand
Date d'inscription: 09/09/2004
Messages: 2847
Site web

Re: Trouver plusieurs chaînes de caractère différentes dans une séquence..

Polom,

Comment veux tu qu'on t'explique les regexp alors que tu nous présente une séquence ADN avec de l'uracile. S'il y a de l'uracile, c'est de l'ARN, dans l'ADN c'est de la thymine qu'on trouve.

Sinon, ce ne serait pas Bienvenue à Gattaca mais Bienvenue à Gauuaca, qui est nettement moins prononçable, tu en conviendras.

Si en plus, tu n'as jamais vu ce film merveilleux ... tu es à la limite de l'inculture.

Pour le reste, je suis loin d'être un as en regexp, désolé wink Sinon, il y a toujours la bonne vieille méthode iterative de "dans le temps".
10: Tu cherches la chaîne AUG, quand tu la trouves tu ajoutes une case à ton tableau d'orf.
20: Tu cherches alors la chaîne UAG et ajoutes tout ce qui se trouve entre les deux à ta case orf
30: GOTO 10

Tu peux aussi chercher d'un coup tous les AUG puis tous les UAG et construire tes orf en fonction de ces emplacements.

Sinon, trouver un dieu de la regexp qui soit capable de tout remonter d'un coup.

Molop,
Xavier


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#3 08/05/2010 23:24:43

pinoche29
Pti Zazou
Date d'inscription: 08/05/2010
Messages: 3

Re: Trouver plusieurs chaînes de caractère différentes dans une séquence..

Lol tu m'as donné quelques idées pour résoudre mon problème, merci !! smile
Sinon, oui en effet c'est une séquence d'ARN, mais par abus de langage et puisque le problème ne se situait pas franchement là je me suis laissée aller à la dérive, mille excuses !! lol Heureusement pour moi je connais Bienvenue à Gattaca... Mais cela suffit-il à me faire pardonner ? J'en doute. lol

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#4 09/05/2010 19:42:28

Groumphy
ZazouMinistre
Lieu: Brussels
Date d'inscription: 19/08/2006
Messages: 506
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Re: Trouver plusieurs chaînes de caractère différentes dans une séquence..

xavier a écrit:

tu nous présente une séquence ADN avec de l'uracile. S'il y a de l'uracile, c'est de l'ARN, dans l'ADN c'est de la thymine qu'on trouve.

Heu... Tu as fait bio-chimie médecine ?


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#5 12/05/2010 19:58:39

pinoche29
Pti Zazou
Date d'inscription: 08/05/2010
Messages: 3

Re: Trouver plusieurs chaînes de caractère différentes dans une séquence..

Je pense qu'il n'est pas nécessaire de faire de la biochimie pour savoir ça. (Enfin moi j'en fais et si j'arrivais en première année sans savoir ça je prenais la porte... lol)

En fait j'ai réfléchis à mon problème et il est bien plus complexe que prévu.
Il me faut trouver AUG dans ma chaîne mais il faut que la chaîne avant AUG soit un multiple de 3, et que la chaîne entre ATG et TAG soit multiple de 3 aussi. Exemple : AGG ATG ACG   ATG   ATT AGC TTC GTA   TAG   ACG GTA

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